Período de 1999 á 2006

O Botafogo ficou de 99 até 2006 sem conquistar 1 Título, nesse período o Time foi vice Campeão da Copa do Brasil 99, do Torneio RIO-SP 2001 e da Taça Guanabara 2001, em 2002 O Clube viveu seu Pior momento caindo pra série B, em 2003 o Clube lutou até o fim para voltar a Elite do Futebol e conseguiu, em 2004 o Clube já estava de Volta a série A, em 2006 o Clube quebrou um jejum de 7 anos sem títulos e venceu a Taça Guanabara e o Campeonato Carioca. No Ano 2000 o Botafogo conseguiu a façanha de ser eleito pela FIFA o 12º maior clube do século XX e o ùnico Clube com 3 jogadores na Seleção do Sèculo da FIFA.